В 1957 году в г.Баксане открылась школа-интернат № 3 . Она была организована в целях расширения общественного воспитания, создания благоприятных условий для всестороннего развития личности ребенка. Первым директором был Нургали Ильич Нагоев, имя которого в настоящее время носит школа. В разные годы школу возглавляли Шарданов А.П., Чемазоков Х.Г., Алакулов А.Т., Маршенкулов Х.Х., Гугов Р.Н. Каждый из них внес большой вклад в развитие школы.
В 1996 году школа-интернат была преобразована в среднюю общеобразовательную школу № 5 г.Баксана с дневным пребыванием детей. В целях обеспечения условий для получения качественного образования в соответствии с Постановлением местной администрации г,о, Баксан от 25.08.2008 года № 266 « О реорганизации образовательных учреждений г.о. Баксан», на основании приказа № 187 от 25.08.2008 года Департамента образования г.о.Баксан « О реорганизации образовательных учреждений г.о. Баксан» к МОУ «СОШ № 5 города Баксана» были присоединены муниципальное образовательное учреждение для детей дошкольного и младшего возраста « Начальная школа – детский сад №3 города Баксана» и муниципальное образовательное учреждение для детей дошкольного и младшего возраста «Начальная школа – детский сад № 4 города Баксана».
Возглавляет школу Шетов Заур Мухамедович.
Личностно-ориентированное образование учащихся в школе, направлено на воспитание каждого ученика развитой, самостоятельной личностью, внутренне свободной, ищущей свое место в обществе в соответствии со своими задатками, интересами и склонностями с тем, чтобы жить полной, осмысленной и творческой жизнью. Такое образование осуществляется на базе школы полного дня.